En la preparación para el jubileo del 2000, Juan Pablo II convocó un simposio internacional sobre la Inquisición. Permitió que más de 30 historiadores investigaran en los archivos vaticanos para identificar las equivocaciones de la Iglesia durante la historia, concretamente las labores de los tribunales eclesiásticos que a partir del siglo XIII tenían jurisdicción para castigar un delito específico: la herejía. Los resultados publicados en las actas de los estudios vaticanos indicaron que había muchos mitos que desmontar en nombre de la verdad histórica.
En primer lugar, las actas indican que las torturas, los autos de fe (muerte en la hoguera), entre otros castigos para los feligreses condenados por estos tribunales eclesiásticos no fueron tantas como el imaginario colectivo supone, ya que la abundante literatura anti-Inquisición publicada en los países protestantes abultó sobremanera las cifras.
La tortura no fue tan frecuente como se ha creído, pues las actas señalan que la Inquisición torturó en el 10% de los casos. Se menciona que morían más presuntas brujas en los países protestantes a manos de los tribunales civiles, que en países católicos a manos de la Inquisición. Ésta quemó por supuesta brujería a 59 mujeres en España, 36 en Italia y 4 en Portugal, mientras que en Europa los tribunales civiles juzgaron por el mismo delito a cerca de 100 mil mujeres. De ellas 50 mil fueron condenadas, 25 mil sólo en Alemania, en la pira purificadora, durante el siglo XVI por los protestantes seguidores de Martín Lutero.
Conocidos los resultados de la investigación, contenidos en un volumen de casi 800 páginas, Juan Pablo II -durante las celebraciones del milenio realizadas por la Iglesia Católica en el 2000- pidió perdón por los pecados cometidos por los católicos en nombre de la fe, a lo largo de la historia, incluyendo los abusos cometidos durante la Inquisición.
En España, el estudio de Ben Tzión Netanyahu crea polémica porque desmonta las teorías tradicionales sobre la Inquisición en España, donde se arremetió contra los falsos conversos. La polémica se extiende.
